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** InVivo, InVitro, InSilico | ** InVivo, InVitro, InSilico | ||
** 사실 컴퓨터적으로 문제를 푸는 과정이다. | ** 사실 컴퓨터적으로 문제를 푸는 과정이다. | ||
** 한 가지 문제, 세포 내 핵의 단백질 (A,T,G,C)이 있다. DNA 복제에 관여하는 DNA Helicase라는 효소가 | ** 한 가지 문제, 세포 내 핵의 단백질 (A,T,G,C)이 있다. DNA 복제에 관여하는 DNA Helicase라는 효소가 DNA를 반으로 분해하는데, 이것은 3'번 말단에서 5'번 말단으로만 갈 수 있다. 그리고, 해 C가 T로 변해버린다. 그래서 원래 이게 C였는지 T였는지 알 수 있는 방법이 없다. Leading Fragment는 Lagging Fragment보다 시토신 비율이 적다. 그 fragments들의 중점을 Origin of replication이라고 한다. 이 점을 중심으로 핵 내부 유전단백질의 비율을 계산 하면 문제를 풀 수 있다고 한다. | ||
** ex) 플라스미드 (내부의 대장균) 유전자 정보를 컴퓨터에 입력한다. 이 문제를 해결하기 위해선 Slidding WIndow라는 기법을 사용하는데, G와 C의 개수 차(GC_Skew)를 그래프로 나타내면 ㅅ모양이나 V모양이 나온다. 각 정점이 Origin of replication이 될 수 있다. | ** ex) 플라스미드 (내부의 대장균) 유전자 정보를 컴퓨터에 입력한다. 이 문제를 해결하기 위해선 Slidding WIndow라는 기법을 사용하는데, G와 C의 개수 차(GC_Skew)를 그래프로 나타내면 ㅅ모양이나 V모양이 나온다. 각 정점이 Origin of replication이 될 수 있다. | ||
** 이제 파이썬으로 코딩을 해보겠다. | ** 이제 파이썬으로 코딩을 해보겠다. | ||
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* SW 중심 대학 멘토링 대책 회의 - 멘토링/세미나 일정을 말해달라고 하십니다. | * SW 중심 대학 멘토링 대책 회의 - 멘토링/세미나 일정을 말해달라고 하십니다. | ||
* Seoul Accord 지원금 받았습니다. 회계에 넣겠음. | * Seoul Accord 지원금 받았습니다. 회계에 넣겠음. | ||
* 네오콤마지에 동아리 소개, 활동 등을 투고하면 좋겠음 - [[유재범]] | |||
Latest revision as of 04:36, 14 September 2017
예정
- 정모는 18시 00분부터 이루어집니다.
- OMS : 이민규
- 진행 사항 공유
- 장소 : 310관 726호
- 스터디 및 프로젝트 - 활동지도/2017
- 컴공 동아리 전시작 받음
- 현대 자동차 공모전
- CPC 참가 안내
- 2017 DEVIEW
- 네이버 오픈소스 세미나
- SW 중심대학 멘토링 대책 회의
진행
- OMS : 이민규 - Python으로 쉽게 배우는 생명정보학
- 다음 OMS : 이민욱 - Google I/O 2017
- InVivo, InVitro, InSilico
- 사실 컴퓨터적으로 문제를 푸는 과정이다.
- 한 가지 문제, 세포 내 핵의 단백질 (A,T,G,C)이 있다. DNA 복제에 관여하는 DNA Helicase라는 효소가 DNA를 반으로 분해하는데, 이것은 3'번 말단에서 5'번 말단으로만 갈 수 있다. 그리고, 해 C가 T로 변해버린다. 그래서 원래 이게 C였는지 T였는지 알 수 있는 방법이 없다. Leading Fragment는 Lagging Fragment보다 시토신 비율이 적다. 그 fragments들의 중점을 Origin of replication이라고 한다. 이 점을 중심으로 핵 내부 유전단백질의 비율을 계산 하면 문제를 풀 수 있다고 한다.
- ex) 플라스미드 (내부의 대장균) 유전자 정보를 컴퓨터에 입력한다. 이 문제를 해결하기 위해선 Slidding WIndow라는 기법을 사용하는데, G와 C의 개수 차(GC_Skew)를 그래프로 나타내면 ㅅ모양이나 V모양이 나온다. 각 정점이 Origin of replication이 될 수 있다.
- 이제 파이썬으로 코딩을 해보겠다.
- fna확장자를 가진 파일을 읽어 와서(실습 땐 파일 하나만 쓰심) -> 절반 정도를 떼서 G와 C의 개수를 세서 그래프를 그렸다!
- 진짜 되네!
- 스터디 공유 :
*킹갓제네럴엠페러무근's머신러닝 - unsupervised learning으로 넘어갔습니다.